Каждому «документу» структурированной ЭМК может быть поставлена в соответствие разветвленная структура данных (учетных параметров), адаптированная к автоматической обработке и анализу.

Создавать и модифицировать структуру учетных параметров, а также детально  их описывать позволяет специальный программный «инструмент».

Теоретически, каждое слово/число/дата-время и т.д. в любом документе ЭМК может быть стать регистрируемым в базе данных показателем с отдельно описываемыми характеристиками, доступным для выборки, анализа и использования в вычислениях или в качестве ключа поиска.

Значения большей части регистрируемых показателей выбираются из соответствующих справочников и классификаторов, которые также создаются и модифицируются теми же программными «инструментами».

Все работы по созданию и модификации структуры учетных параметров ЭМК не требуют внесения изменений в коды программного обеспечения и в физическую структуру базы данных и могут выполняться не программистом, а уполномоченным сотрудником (медицинским администратором), что существенно снижает затраты на сопровождение и развитие системы.

Ведение ЭМК фактически сводится к выбору значений учетных параметров из заранее определенных справочников и классификаторов с минимальным объемом информации, вводимой «вручную» с помощью клавиатуры.

Вычисляемые значения учетных параметров, для которых существуют алгоритмы вычисления с использованием значений других параметров,  также заполняются автоматически.

Автоматически заполняются и поля любого документа ЭМК, в которых должны отображаться сведения, уже внесенные в базу данных ранее, например, в регистратуре (ФИО и другие паспортные данные пациента, № карты, ФИО врача и т.п.).

Структурированная ЭМК  является единственным необходимым и достаточным источником данных для автоматического формирования любых отчетов, утвержденных учетных и отчетных форм, ведения медицинской статистики и учета медицинских услуг.